Die Abtei kann auf eine tausendjährige Geschichte zurückblicken, die durch eine Abfolge von Blütezeiten und Momenten der Dekadenz und des Verfalls gekennzeichnet ist, aus denen sie sich jedoch immer wieder erholen konnte.
Der heutige architektonische Komplex, der sich neben der Pfarrkirche Santa Maria Assunta befindet, wurde 1493-96 von den Benediktinermönchen der Abtei Polirone in San Benedetto Po (Mantua) errichtet. Sein Ursprung ist jedoch viel älter. Die erste Benediktinerabtei geht auf das 9. Jahrhundert zurück und befand sich in der Nähe der Via Gallica, der wichtigen Römerstraße, die Turin mit Aquileia verband. Die kleine Abtei wurde 922 von den Hunnen-Ungarn aus Osteuropa zerstört, aber schon bald vom Bischof von Verona, Raterio, der ihre Bedeutung erkannte, wieder aufgebaut. Seitdem haben die Benediktinermönche zusammen mit Siedlern ein großes Werk der Landgewinnung begonnen, indem sie die Sümpfe urbar machten, Kanäle bauten und die Anbauflächen erweiterten. Die Besitztümer der Abtei wurden auf das Umland ausgedehnt, und die Abtei wurde als kleines Lehen organisiert, das den Fortschritt und die ländliche Entwicklung förderte. An seiner Spitze stand der Abt.
Nach dem Jahr 1000 wurde das Lehen zu einer freien Klosterkommune.
In der Zeit zwischen dem 14. und der ersten Hälfte des 15. Jahrhunderts war das Gebiet um die Abtei häufig Schauplatz von Kämpfen und Überfällen der Truppen der benachbarten Mächte: der Scaligeri von Verona, der Gonzaga von Mantua und der Visconti von Mailand. Das Jahr 1339 war aufgrund der Verwüstungen, die die Truppen unter dem Kommando von Lodrisio Visconti anrichteten, besonders tragisch. Die Abtei wurde aufgegeben und die Mönche zogen in das befestigte Dorf Lonato um.
Im 15. Jahrhundert ging das Gebiet des Klosters an die Republik Venedig über. Im Jahr 1491 wurde die Abtei offiziell der Abtei von Polirone anvertraut und fast von Grund auf wieder aufgebaut und mit der schönen Renaissancekirche und dem eleganten Kreuzgang geschmückt. Ihr Leben ging ununterbrochen in einer Periode relativen Friedens bis zum Ende des 18. Jahrhunderts weiter und wurde zu einem klösterlichen Umfeld mit einer starken humanistischen Prägung, das immer wichtiger und reicher wurde und Kunstwerke von großem Wert enthielt. Im Laufe der Jahrhunderte beherbergte sie zahlreiche berühmte und weitsichtige Persönlichkeiten, Politiker, Kardinäle, Schriftsteller und Dichter. Zu ihnen gehörte Kardinal Reginald Pole, der 1553 in der Abtei intensive diplomatische Bemühungen um die Rückkehr Englands zur römischen Kirche unternahm.
Im Jahr 1797 besiegte General Napoleon Bonaparte die Österreicher und wurde mit dem Vertrag von Campoformio Herr über das Gebiet. Um die Kosten des Krieges zu tragen, erließ er in Mantua ein Dekret zur Aufhebung des größten Teils der religiösen Güter in den eroberten Gebieten. Die Abtei, die einen Großteil ihres Reichtums eingebüßt hatte, ging in Privatbesitz über und erlebte bis zum Beginn des 20. Jahrhunderts eine Zeit der völligen Verwahrlosung.
Im Jahr 1904 wurde die Abtei von einer Gemeinschaft von 85 französischen Zisterzienser-Trappistenmönchen aus Algerien gekauft, die die Abtei durch die Wiederaufnahme der Aktivitäten zahlreicher lokaler Bauernfamilien wieder aufblühen ließen. Aus verschiedenen Gründen beschlossen sie im Jahr 1938, es zu verkaufen und sich in die Abtei von Notre Dame d’Aiguebelle in Frankreich zurückzuziehen.
Giovanni Calabria, ein Priest aus Verona, Gründer der Kongregation der Armen Diener und Armen Dienerinnen der Göttlichen Vorsehung, der 1999 heiliggesprochen wurde, erfuhr von der Absicht, das Haus zu verkaufen, und wurde inspiriert, es zu kaufen und sie in eine aufnehmende Gemeinschaft für die Wiedervereinigung von getrennten christlichen Brüdern und Schwestern, ein Hilfszentrum für Priester in Schwierigkeiten und für arme Kinder zu verwandeln. Dank der Großzügigkeit von zwei wohlhabenden Schwestern aus Lonato wurde sein Wunsch erfüllt.
Heute lebt und arbeitet die Abtei als Haus der Spiritualität und als ökumenisches Zentrum für den interreligiösen Dialog weiter.